Fakultas Kedokteran UNCEN secara resmi didirikan pada tanggal 20 Maret 2001 berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Provinsi Irian Jaya Nomor 29 Tahun 2021 semasa Pemerintahan Gubernur Yap Salosa, M.Si. Saat ini Fakultas Kedokteran UNCEN membawahi empat program studi yaitu Program Studi Kedokteran, Program Profesi Dokter, Program Studi S1 Ilmu Keperawatan, dan Program Pendidikan Ners. PSIK FK UNCEN sendiri berdiri atas prakarsa dari Fransisca B. Batticaca, S.Pd., M.Kep., Ns. Sp.Kep.Kom (Ketua PSIK FK UNCEN saat ini) yang diusulkan kepada Dr. Tigor Silaban, MPH pada tahun 2003. Pada tahun 2006 dibentuk Panitia Seminar Sehari dalam rangka pembukaan PSIK di UNCEN dengan Tim Perumus adalah Yan Piet Rumaikewi dan Fransisca B. Batticaca, S.Pd., M.Kep., Ns. Sp.Kep.Kom, sehingga pendirian PSIK di UNCEN mendapat dukungan dan rekomendasi dari PPNI Provinsi Papua dan PPNI Pusat. Atas berbagai upaya maka pada tanggal November 2008 terbit Surat Ijin Penyelenggaraan PSIK UNCEN yang ditandatangani oleh Dirjen Pendidikan Tinggi. PSIK FK UNCEN adalah institusi pendidikan tinggi keperawatan jenjang Sarjana pertama di wilayah Papua yang berada di lingkungan Universitas Cenderawasih, yang didirikan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 5611/H20/DT/2008 tanggal 12 Februari 2008, dan diteruskan dengan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Nomor: 4301/D/T/2008 tanggal 28 November 2008 tentang “Ijin Penyelenggaraan Program Studi Ilmu Keperawatan pada Universitas Cenderawasih di Jayapura”. Selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Menteri Riset, Tekonologi, dan Pendidikan Tinggi melalui Sekretaris DIRJEN DIKTI pada tanggal 20 Maret 2015 dikeluarkan ijin penyelenggaraan Program Studi Profesi Ners.