Sejarah Fakultas Kedokteran Universitas Cenderawasih di Papua dimulai dengan pendirian program pendidikan dokter (PPD) pada 16 September 2002. Program Pendidikan dokter, didirikan berdasarkan pertimbangan adanya; urgensi kebutuhan tenaga dokter, peningkatan sumber daya manusia kesehatan dan peningkatan kualitas pelayanan kesehatan yang merata di seluruh daerah propinsi Papua yang pada saat itu mencakup daerah provinsi Papua dan Papua Barat.
Di awal pendiriannya, Program pendidikan dokter Univeristas Cenderawasih dipimpin oleh dr. Paulina Watofa, Sp. Rad sebagai Ketua Program Pendidikan Dokter. PPD kemudian merekrut 50 orang mahasiswa, melalui jalur tes lokal yang dilaksanakan disetiap kabupaten di propinsi Papua (Papua dan Papua Barat). Proses pendidikan tahap sarjana pada waktu itu dilakukan dengan kerjasama Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga, Surabaya dan Fakultas Kedokteran Universitas Sam Ratulangi, Manado.

Landasan hukum pendirian Program Pendidikan Dokter, Universitas Cenderawasih:

1. 1. Peraturan Pemerintah Republik Indonesia No. 2 Tahun 1989 tentang Sistem Pendidikan Nasional.
   2. Peraturan Pemerintah Republik Indonesia No. 60 Tahun 1999 tentang Pendidikan Tinggi.
   3. Peraturan Pemerintah Republik Indonesia No. 61 Tahun 1999 tentang Penetapan Perguruan Tinggi Negeri Sebagai Badan Hukum.
   4. Keputusan bersama WAMPA/Koordinator Urusan Irian Barat dan Menteri PTIP No. 140/PTIP/1962 dan disahkan dengan Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 389 Tahun 1962 tentang Pendirian Universitas Cenderawasih.
   5. Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 0458/0/1992 tentang Statuta Universitas Cenderawasih.
   6. Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 0185/0/1995 tentang Organisasi dan Tata Kerja (OTK) Universitas Cenderawasih.
   7. Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 36/U/1993 tentang Gelar dan Sebutan Lulusan Perguruan Tinggi.
   8. Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Depdikbud Republik Indonesia No. 24/DJ/Kep/83 tentang Tujuan dan Program serta Kurikulum Inti Fakultas Kedokteran.
   9. Pola Dasar Pembangunan Daerah Propinsi Papua Tahun 1994 — 1999.
   10. Kerangka Pengembangan Pendidikan Tinggi (KPPT) Tahun 1996 — 2005.
   11. Pokok-Pokok Rencana Induk Pengembangan (RIP) Universitas Cenderawasih Tahun 1995 — 2004.
   12. Rencana Strategi Universitas Cenderawasih Tahun 1996 — 2005.
   13. Rekomendasi Lokakarya (Workshop) Program Peningkatan Sumberdaya Manusia Kesehatan Melalui Program Studi Kedokteran di Papua, pada tangal 11 — 12 Agustus 2000, bertempat di Hotel Sentani Indah, Jayapura.

Pada 17 Juli 2009, Program pendidikan dokter Univeristas Cenderawasih kemudian resmi berubah status menjadi Fakultas Kedokteran dan telah menyelenggaraan pendidikan profesi dokter di Rumah sakit provinsi Papua (RSUD dok II, Jayapura), beberapa puskesmas dan institusi kesehatan terkait di wilayah kota Jayapura dan Kabupaten Jayapura.

Atas konsistensi dan kerja keras institusi dalam meningkatkan pendidikan dokter, pada tahun 2017, di bawah pimpinan dr. Trajanus Laurens Jembise, Sp.B, Fakultas Kedokteran Universitas Cenderawasih berhasil meraih Akreditas “B” dari Lembaga Akreditasi Mandiri Perguruan tinggi kesehatan (LAM-PTKes).

Sejak berdirinya hingga saat ini, Fakultas Kedokteran terus mengembangakan diri dan memperluas kerja samanya dengan berbagai insitusi pendidikan dan kesehatan di Indonesia. Fakultas Kedokteran telah berhasil meluluskan lebih dari 700 lulusan bergelar dokter yang sebagian besar mengabdikan diri sebagai tenaga kesehatan diwilayah Provinsi Papua dan Papua barat.